2011年04月28日

三毛猫とncRNA

1,
Nature. 1961 Apr 22;190:372-3.
Gene action in the X-chromosome of the mouse .
LYON MF.
2,
三毛猫の科学←面白い

1961年にMary Lyonさんというイギリスの女性遺伝学者が
女性の染色体XXの一方は不活化されていることを発見した。
2は三毛猫の科学というサイトでどうして三毛猫はメス
ばかりなのかという巧みな解説がある。
不活化されるほうの染色体からの転写産物のXist
X-inactive specific geneがその染色体表面を覆い
不活化する仕組みを調べて、non-coding RNAの実例を
理解したい。
posted by ヘフティー at 12:02| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月25日

lincRNAsと癌転移

1,
Functional demarcation of active and silent chromatin domains
in human HOX loci by noncoding RNAs.
Rinn JL, Chang HY et al
Cell. 2007 Jun 29;129(7):1311-23.
2,
Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state
to promote cancer metastasis.
Gupta RA, Chang HY et al
Nature. 2010 Apr 15;464(7291):1071-6.
3,
Long noncoding RNA as modular scaffold of histone modification complexes.
Tsai MC, Chang HY et al
Science. 2010 Aug 6;329(5992):689-93
non coding RNAの重要evidenceがあった。
Changさんはノーベル賞でしょうか?
略号lincRNAsの元が
large intervening noncoding RNAsだったり
long intergenic noncoding RNAsだったりするのはどうでも
よいが、junk RNAがホメオボックスを調節し癌の転移に関係する
のは大変なことで、NIHはnatureもscienceもfreeでdownload
出来るようにしたようです。
ncRNA(noncoding)からホメオボックスがいじれれば
形態的な大進化の説明になりますね。
posted by ヘフティー at 17:27| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

non-coding RNAs;改訂

Non-coding RNAs: the architects of eukaryotic complexity.
Mattick JS.
EMBO Rep. 2001 Nov;2(11):986-91.
再集合したexon全体から翻訳された蛋白合計を
proteosomeと言う。
遺伝子配列の自動解析が進んでみたら、種の違いが
あってもproteosomeの量にあまり違いがなかった。
細菌(ほとんどintoronが無い)も人の半分くらいだった。
進化とはなんだ?
そこでintoronが機能を持つ存在でないかと注目された。
Mattickはその論の中心者だが、2001年では、(現在でも)
evidenceは少ない。
追記;現在はありのようです。
posted by ヘフティー at 12:58| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月22日

K蛋白

 hnRNP K: one protein multiple processes.
Bomsztyk K, Denisenko O, Ostrowski J.
Bioessays. 2004 Jun;26(6):629-38. Review.
heterogeneous nuclear ribonucleoprotein(hnRNP)とは
なんであるかについてはよい定義記載はない。
文献は沢山あるのにwikipediaも誰もまとめもに書けない。
けれどもそのうちノーベル賞でも出そうな注目すべき
領域だとはわかる。
総論よりも各論から入ったほうがよさそう。
それでK protein K蛋白。
核酸が結びつくdocking platform のcascades.
インスリン受容体でやったSrc homologyのSH2,SH3の
話とよく似ている。このカスケードが系統発生で
進化していく段階で色々な機能を取り込み、
タイトルにあるmultiple processesとなったようだ。
Intoron and other non-coding RNAs play a
regulartory role in gene expression.
とあるからそういうような事を勉強したい。
posted by ヘフティー at 15:07| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月19日

SR 蛋白

1,
A conserved family of nuclear phosphoproteins
localized to sites of polymerase II transcription.
Roth MB, Zahler AM, Stolk JA.
J Cell Biol. 1991 Nov;115(3):587-96.
2,
SR proteins: a conserved family of pre-mRNA splicing factors.
Zahler AM, Lane WS, Stolk JA, Roth MB.
Genes Dev. 1992 May;6(5):837-47.
1980年代末にはsplicingにsnRNP蛋白以外の何かが必要
ということはSteitzなどは解っていた。
切断部位近くに電顕などで微細な蛋白のような斑点が見えた。
その部分に対する抗体を作ってその反応する抗原部位エピトープ
を調べた。その開始コドンから終始コドン351、その前後の
ナンセンス部分、最後のポリA部分。
その203から303に注目すると40%がserine,30%が
arginineであった。202から見ると
ser-arg-ser-ser-ser-ser-arg-ser-argのようになっている。
1文字表記ではserはS,argはRと書かれるので
SR蛋白と名付けられた。
SR(ser/arg)rich proteinと書かれる。
RはrichのRではない。
posted by ヘフティー at 10:46| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月14日

Joan A. Steitz

Thomas Steitzは2009年リボソームの電顕による
超微細構造の研究でノーベル賞をもらった。
Joan A.Steitsはその奥さんであるが、彼女もすごい。
1941年の生まれだが、1969年に核酸の読み込み
開始部分の論文をNatureに発表し、その後pre-mRNAから
splicingの研究でintronが'junk DNA'でなく、重要な
機能をもった存在であることを実証したらしい。
研究者の名前を知ったからといって内容が解る訳では
ないが、ニュートン、アインシュタインを知らないで
物理が解る人はいない。
更に私が驚いたのは、ご夫婦のお子さんが野球の
大リーグで3年活躍してからlaw schoolに進学、活躍
されているそうだ。
posted by ヘフティー at 19:01| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月10日

U1,U2,snRNP

spliceosomeは雲のようにイントロンを覆って
その中でsplicingが進行する。
その構成成分はU1,U2,U3、U4,U5,U6と
名付けられたsmall nucear ribonucleoproteinで
small nuclear RNAに蛋白が付いたものである。
ウリジン酸が多いので
uridylic acid-rich small nuclear RNAで
その表面の抗原決定基に対する抗体がSLEなどで
出てくる、抗Sm抗体や抗RNP抗体だそうだが
そちらについては解らない。splicingに戻る。
これ等のsnRNPの仕事はsplicingする部位を認識する
ことである。
U1とU2はひも状に繋がっている。
U1は5’切断部位を認識、U2はbranch部位を認識。
branch部位が決まるとその下流の3’切断部位も決まる。
U5は切断部位の両側にexonがあることを確認する。
posted by ヘフティー at 21:16| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月06日

コンセンサス ルール(改)

Nucleic Acids Res. 1982 Jan 22;10(2):459-72.
A catalogue of splice junction sequences.
Mount SM.

Nucleic Acids Res. 1982 Jan 22;10(2):459-72.
A catalogue of splice junction sequences.
Mount SM.
総ての切り離されるイントロンの5’側はGTで始まり、
3’側はAGで終わる。
これをconsensus ruleと言う。GTやAGの部位は
沢山あるからこれだけで決まるわけではない。

DNA の塩基ではアデニン(A)・チミン(T)・グアニン(G)・ シトシン(C)の4種類。
RNA はチミン(T)の代わりにウラシル(U)
プリン塩基 (A, G) とピリミジン塩基 (C, T, U)
(5'exon,AG)GURAGU------(branch point,YNYURAY)-(polyY)---YAG(G,3'exon)
イントロンはDNAで言えば、GTで始まるが、pre-mRNAだからGUで始まる
と言うほうがよかった。
splicingの切り方はリボザイムでやった投げ縄lariatと同じ。
Rと言うのはR=プリン、Y=ピリミジン。
AGとGUの間で切られたイントロンは投げ縄状にブランチと呼ばれる
部分に引っかかる。これが連動してAG-G部分が切られる。
branchは、縛り首にする時に投げ縄を上方の枝に投げてつるすイメージ。
専門家は一文字表記を使うから更に解りにくい。
分子生物学の教科書はスプライシングの説明が50ページにわたり
細かすぎて混乱の極。
posted by ヘフティー at 18:59| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年04月04日

タウと遺伝の1

Genetic evidence for the involvement of tau
in progressive supranuclear palsy.
Conrad C, Andreadis A, Trojanowski JQ, Saitoh T.
Ann Neurol. 1997 Feb;41(2):277-81.

遺伝のおさらい。
ABO血液型で考える。AとA’があるなどという硬い
ことは言わない。
減数分裂して、22X,22Yなどと別れるとき、
A,B,Oのどれかになる。この状態はalleleとも言うし、
(german;allel=shortだそうでこれなんだろうが、
greekのallelon=of each otherのほうが面白い)
haplotypeとも言う。haploと言うのはsingleという意味。
これが合体して、AA,AB,AO,BB,BO,OO
などになる。これがgenotype。
この時優性、劣性があると、表現型、phenotypeと言う。
タウのexon 9とexon 10 の間のintronにTG繰り返し
配列の多い部分がある。
11個のものをA0(エーゼロ)12個A1,13個A2,
14個をA3,15個をA4と名付ける。
PSS,progressive supranuclear palsyの患者の染色体を
調べたら、21/22(95.5%)がA0/AOタイプ
だった。そうだ。
exonのsplicingを調節している機構がintronにあり、
その機能が注目されているらしい。
つまりsplicingの最新知識がないと解らない問題らしい
のでsplicing をやりたい。
posted by ヘフティー at 18:30| Comment(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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